生信大杂烩

文章/答案/技术大牛

发布

LV0

发表了文章 3天前2025-06-10 20:21:16

Visium HD多样本拼片拆分

Visium HD实验的时候一个捕获区域内可以包含多个样本拼片（例如多个组织切片或不同样本的排列）是常见的实验设计，多样本拼片能够提升实验效率，单张玻片处理多...

生信大杂烩 3天前2025-06-10 20:21:16

数据、芯片、barcode、sample、工具

发表了文章 3天前2025-06-10 20:20:30

Nature Immunology | 老年癌症患者为何更难治愈？最新研究揭示关键机制！

癌症中的年龄相关免疫功能障碍的病因和影响尚不完全清楚。本文表明，老化肿瘤微环境（TME）中有限的 CD8+ T 细胞激活，超出了细胞本身缺陷对肿瘤控制的限制。在...

生信大杂烩 3天前2025-06-10 20:20:31

数据分析、基础、模型、排序、数据

发表了文章 3天前2025-06-10 20:19:21

腾讯IMA上线！数据分析+文献阅读神器，效率翻倍

ima.copilot（简称 ima）是一款以知识库为核心的智能工作台，集搜索、阅读、写作为一体，全面提升用户的学习与办公效率。产品接入腾讯混元大模型与 Dee...

生信大杂烩 3天前2025-06-10 20:19:21

翻译、快捷键、腾讯、效率、数据分析

发表了文章 3天前2025-06-10 20:18:25

单细胞文献阅读--scRank利用目标扰动基因调控网络，从scRNA-seq 数据中推断出药物反应细胞类型

细胞对药物的反应表现出巨大的异质性，这主要归因于细胞群体的多样性。在不同细胞的特定生物网络中，药物与其靶点（如受体或酶）相互作用会产生不同的效果。例如，激酶抑制...

生信大杂烩 3天前2025-06-10 20:18:25

计算机、开发、数据、网络、性能

发表了文章 3天前2025-06-10 18:43:33

Xenium数据分析 | 下机数据读取

今天我们将下载10x官方人肺癌FFPE样本Xenium5k下机数据，使用python的spatialdata库，演示如何进行Xenium单个样本/多样本数据读取...

生信大杂烩 3天前2025-06-10 18:43:34

sample、多线程、数据、芯片、数据分析

发表了文章 3天前2025-06-10 18:42:32

空间转录组细胞类型注释--SCimilarity

前面我们使用10x visium HD结直肠癌样本数据介绍了基于H&E图像进行细胞分割，得到了单细胞精度的空间数据，然后和单细胞分析一样，进行降维聚...

生信大杂烩 3天前2025-06-10 18:42:32

数据、cell、import、测试、模型

关注了用户 3天前2025-06-10 15:06:48

腾讯云自媒体分享计划
腾讯｜产品运营 (已认证)

申请条件：至少有 20 篇或以上符合投稿要求可迁入腾讯云专栏的原创技术文章。

3 文章0 回答6.1K 关注者

订阅了专栏 3天前2025-06-10 15:06:48

腾讯云自媒体分享计划

3 文章6K 订阅数

发表了文章 5天前2025-06-08 21:07:23

空间转录组数据下游分析(二)

邻近富集分析（Proximity Enrichment Analysis）是空间转录组数据分析中的一种重要方法，用于评估细胞类型对之间的空间关联性。该分析通过置...

生信大杂烩 5天前2025-06-08 21:07:23

数据分析

发表了文章 5天前2025-06-08 16:11:51

空间转录组数据下游分析(一)

前面我们介绍了从Xenium下机数据开始，到数据读取、质控、降维聚类、空间聚类(Banksy)、细胞类型注释（特征基因注释、RCTD反卷积注释），完成了基础的分...

生信大杂烩 5天前2025-06-08 16:11:51

数据分析

发表了文章 15天前2025-05-29 21:52:38

Cancer Cell丨肺癌早期干预新突破，TIM-3靶点或成关键

2025年5月8日，Cancer Cell 在线发表了一篇来自美国MD安德森癌症中心的研究文章Spatial and multiomics analysis o...

生信大杂烩 15天前2025-05-29 21:52:38

数据分析

发表了文章 15天前2025-05-29 21:52:10

R语言绘图 | 渐变火山图

客户要求绘制类似文章中的这种颜色渐变火山图，感觉挺好看的。网上找了一圈，发现有别人已经实现的类似代码，拿来修改后即可使用，这里做下记录，以便后期查找。

生信大杂烩 15天前2025-05-29 21:52:10

数据分析

发表了文章 15天前2025-05-29 21:51:57

Cell Res | Stereo-seq揭示人类肝癌浸润区促进肝细胞-肿瘤细胞串扰、局部免疫抑制和肿瘤进展

有同学给了一篇23年的空间文章，研究的一个核心概念是肿瘤边缘的"侵袭区"，文章中定义的是以肿瘤边缘为中心的500微米宽的区域，这里是肿瘤细胞侵袭和转移的活跃前沿...

生信大杂烩 15天前2025-05-29 21:51:57

数据分析

发表了文章 15天前2025-05-29 21:51:44

Scanpy可视化技巧--UMAP图优化

前几天后台有同学私信说想要美化下scanpy绘制的UMAP图，给了篇单细胞文章中的UMAP截图，我们写了一个函数，用于美化scanpy的UMAP图，思路还是比较...

生信大杂烩 15天前2025-05-29 21:51:44

数据分析

发表了文章 15天前2025-05-29 21:51:12

经典的文章要反复读--单细胞测序和CODEX绘制人骨髓的组成和空间结构

骨髓是一个复杂的器官，包含了来自造血、间充质、内皮、血管平滑肌和神经谱系的多种细胞。相对稀有的非造血细胞被认为在造血过程中起着关键作用。包括内皮细胞（ECs）、...

生信大杂烩 15天前2025-05-29 21:51:12

数据分析

发表了文章 15天前2025-05-29 21:48:57

Xenium | 细胞邻域(Cellular Neighborhood)分析(fixed radius)

Xenium | 细胞邻域(Cellular Neighborhood)分析(fixed k-nearest neighbor)

生信大杂烩 15天前2025-05-29 21:48:57

数据分析

发表了文章 15天前2025-05-29 21:48:42

Xenium | 细胞邻域(Cellular Neighborhood)分析(fixed k-nearest neighbor)

CN分析概念最早来源于空间单细胞蛋白组Codex文章，Coordinated Cellular Neighborhoods Orchestrate Antitu...

生信大杂烩 15天前2025-05-29 21:48:42

数据分析

发表了文章 15天前2025-05-29 21:48:23

Nat Commun | 单细胞和空间转录组学分析构建NSCLC免疫和非免疫区图谱

记录下最近阅读的一篇于2024年5月在Nature Communications上发表的文章"Single-cell and spatial transcrip...

生信大杂烩 15天前2025-05-29 21:48:23

数据分析

发表了文章 15天前2025-05-29 21:46:03

Xenium最新文章 | 空间转录组揭示食管癌多阶段空间演化图谱

2025年3月10日，华中科技大学、中国医学科学院肿瘤医院等团队联合攻关，首次应用10x Genomics Xenium In Situ平台小panel技术，结...

生信大杂烩 15天前2025-05-29 21:46:03

数据分析

发表了文章 15天前2025-05-29 21:45:50

Xenium数据分析 | 数据预处理、单细胞降维聚类、细胞类型定义

上节我们下载10x官方数据后，使用spatialdata框架进行数据读取，这节我们拿到单细胞数据后，使用常规单细胞数据分析流程，进行数据质控、低质量细胞删除、降...

生信大杂烩 15天前2025-05-29 21:45:50

数据分析

12 3 下一页

个人简介

生物信息数据分析
单细胞、空间转录组、蛋白代谢多组学数据分析学习记录。
暂未填写技能专长
暂未填写学校和专业
暂未填写个人网址
安徽省 | 合肥市
加入社区时间：2025-04-20

个人成就

获得 12 次赞同
文章被阅读 2.8K 次

关注了：1关注者：15